アレルギーを引き起こす原因となる抗原をアレルゲンという。とくに花粉症の原因となる花粉や、ダニの死骸、ハウスダスト、ホルムアルデヒド等の気管支ぜんそくの原因物質が代表的である。人によって個人差はあるが、アレルギーを引き起こす薬剤や食物、ウルシなどの植物、また寒さなどもアレルゲンとなる。確認されているものだけで200近くある。