動物の消化管内に生息している細菌のことで、人間にとって有用な善玉菌、有害な悪玉菌、日和見菌の3つに大別できる。善玉菌(乳酸菌など)が優勢な状態では、免疫力を高め感染を防ぐ、ビタミンを作る、消化・吸収を助ける、生活習慣病を予防するなどの働きが得られる。不適切な生活習慣や病気、老化、抗生物質の服用などで悪玉菌(大腸菌など)が優勢になると体全体に悪い影響が出て、増殖が進むとがんなどを引き起こす原因にもなる。善玉菌を増やすには、生活リズムを整え、ヨーグルトなどの発酵食品を積極的にとること。