正常な免疫システムは、細菌やウイルスなどの異物(非自己)が体内に入ってきたとき、これを攻撃して体を守る。それに対し自己免疫疾患では、免疫システムの異常から自分自身(自己)の組織を異物と認識し、自分の体を攻撃する因子(自己抗体)を作って自己の細胞や組織を攻撃し、炎症や組織の損傷を起こす。代表的な病気に、全身の関節に炎症がおこる関節リウマチ、甲状腺が影響を受けるバセドウ病などがある。