エネルギーを必要最小限しか使っていないときの体温のことで、朝目覚めたとき寝たままで測る。毎日測ったものを線でつないでグラフにした基礎体温表から、女性ホルモンの分泌や排卵の有無などについて知ることができる。28日周期の月経の場合、約14日間の低温期のあと、排卵日を境に約14日間の高温期がきて、次に体温が下がって月経がおこる。低温期しかない場合は無排卵月経の可能性が、高温期が3週間以上続く場合は妊娠の可能性などが考えられる。