細菌やウイルスなど、体内で異物と認識され、免疫反応を起こさせる物質のこと。抗原が体内に入ると、これを撃退するための物質(抗体)がつくられる。抗体が抗原に結合する生体反応を抗原抗体反応といい、本来は体を異物(抗原)から守るために行われるが、治療のための輸血や移植された臓器を抗原と認識して攻撃してしまうこともある。また、食品の成分や薬品が抗原となり、アレルギー反応(免疫の過敏反応)を引き起こすこともあり、アレルギー反応の原因となる抗原をアレルゲンと呼ぶ。