その人が元々もっている慢性的な病気、いわゆる持病のこと。たとえば新型インフルエンザ(A/H1N1)が重症化しやすい人として、乳幼児、妊婦、高齢者などのほかに、ぜんそくなどの慢性呼吸器疾患や慢性心疾患、慢性腎疾患、糖尿病などの基礎疾患を持つ人があげられている。また、病気の元となっているほかの病気のこともさし、この場合、白内障を引き起こす糖尿病や、脳卒中や心筋梗塞を引き起こす高血圧なども基礎疾患にあたる。