不飽和脂肪酸は構造上炭素の二重結合をもっているが、二重結合のまわりの構造によってシス型とトランス型に分けられる。天然の不飽和脂肪酸のほとんどはシス型だが、常温で液体の植物油からマーガリンなどを製造する過程や、植物から油を絞る際に高温処理することなどによってトランス脂肪酸が生じる。そのためマーガリンやショートニング、それらを使ったパン・ケーキ・スナック菓子、ファストフード、サラダ油など精製した植物油などにトランス脂肪酸が含まれている。摂取量が多いとLDL(悪玉)コレステロールを増やし、心臓病のリスクを高めるとされている。