子宮頸がんの原因となるヒトパピローマウイルス(HPV)の感染を調べる検査。子宮頸部から採取した細胞からDNAを抽出して判定する。ハイリスク型HPVへの感染の有無を調べるスクリーニング検査と、どの型に感染しているか調べるタイピング解析があり、どちらも細胞診と同時に検査できる。HPV検査では前がん病変を見つけやすく、細胞診とHPV検査を組み合わせることによって、検診の精度はほぼ100%になるとされている。細胞診とHPV検査がともに陰性の場合は、検査間隔を3年にしてもよいとする報告もある。検査は今のところ全額自己負担になる。