1年間に納税者本人や生計を共にする配偶者、その他の親族が支払った医療費が合わせて10万円または所得金額の5%(どちらか少ないほう)を超えた場合は、確定申告をすると所得税が安くなる(既に納税しているときは戻ってくる)場合がある。これを「医療費控除」という。控除対象になるのは一般的な医療費や歯科診療費、お産の費用、通院のための交通費、治療目的のマッサージ、はり・きゅうなどの料金だが、保険などで補てんを受けた金額は差し引かなくてはならない。また、医師の指示に基づいて特定保健指導を受けたときなどは、健診費用も対象になる。確定申告書には医療費の明細書や領収書などを添付する。